Pdt. Dr. Stephen Tong melayani Tuhan sejak 1957, baik di dalam bidang pengijilan, theologi maupun penggembalaan. Pelayanan beliau telah menjadi berkat bagi jaman ini, dan banyak menarik perhatian pimpinan gereja di Indonesia maupun di luar negeri. Khususnya kepada Theologi Reformed yang ditegaskan oleh beliau sejak th. 1974, beliau mengadakan seminar-seminar di Surabaya.

Pada th. 1984, beliau mulai mengadakan Seminar Pembinaan Iman Kristen (SPIK) di Jakarta, untuk menegakkan doktrin Reformed dan semangat Injili (setelah mengajar theologi selama 20 tahun). Seminar Pembinaan Iman Kristen juga dipimpin Tuhan untuk menjadi pendahuluan bagi berdirinya LRII (1986), dimana Pdt. Dr. Stephen Tong mengajak Pdt. Dr. Yakub Susabda Pdt. Dr. Caleb Tong untuk menjadi pendiri bersama.

Selain SPIK, Pdt. Dr. Stephen Tong juga mendirikan Sekolah Theologi Reformed Injili Surabaya (1986), STRI Jakarta (1987) dan STRI Malang (1990). Beliau juga memperluas seminar-seminar pembinaan iman tersebut dalam kota-kota besar yang lain di Indonesia (yang diserahkan kepada LRII) dan kota-kota di luar negeri (yang diserahkan di bawah STEMI). Sejak th.1991 Pdt. Dr. Stephen Tong menjabat sebagai Rektor STTRII hingga sekarang.

Selain menggalakkan gerakan doktrin Reformed di Indonesia, beliau juga pernah menjadi dosen tamu pada seminar-seminar di luar negeri. Termasuk China Graduate School of Teology di Hongkong (1975, 1979), China Evangelical Seminary di Taiwan (1976), Trinity College di Singapore (1980), dan memberikan ceramah-ceramah termasuk Westminster Seminary, Regent College, dll di USA.

Di samping itu Pdt. Dr. Stephen Tong pernah menjabat sebagai dosen theologi dan filsafat di Seminari Alkitab Asia Tenggara (1964-1988), Pendiri Gereja Reformed Injili Indonesia (1989), dan Gembala Sidang GRII Pusat, Ketua Sinode GRII, Pendiri Jakarta Oratorio Society (1986), Stephen Tong Evangelistic Ministries International (1979), STEMI Institute (1996) dan Christianity and 21st Century Insitute (mulai th. 1996) di USA.