Ev. Thomy J. Matakupan dilahirkan di Jakarta pada
tahun 1966. Menerima Kristus pada tahun 1983 dan mengambil keputusan menjadi hamba Tuhan pada tahun 1984.

Setelah menyelesaikan pendidikan S-1 umum pada tahun 1989, melanjutkan pendidikan di Sekolah Tinggi Teologia Reformed Injili Indonesia (STTRII) Jakarta dan mendapatkan gelar Sarjana Teologia pada tahun 1995. Sampai dengan saat ini juga sedang menyelesaikan program studi Master of Divinity (M.Div) pada sekolah yang sama.

Pada tahun 1995-1996 menggembalakan jemaat di Mimbar Reformed Injili Surabaya sekaligus mengajar di Sekolah Teologia Reformed Injili, baik yang berada di Surabaya maupun Malang.

Semenjak bulan Oktober 1996 dipercayakan menjadi Kepala Perwakilan Lembaga Reformed Injili Indonesia Perwakilan Yogyakarta dan Gembala Sidang dari Mimbar Reformed Injili Yogyakarata.

Mulai bulan Februari 2000 kembali melayani di Gereja Reformed Injili Indonesia (GRII) Surabaya - Andhika serta sebagai dosen di Sekolah Teologia Reformed Injili Indonesia Surabaya (STRIS) Andhika dan International Reformed Evangelical Correspondence Study (IRECS).

Tahun 1998 beliau menikah dengan Ev. Mercy Matakupan, dan telah dikaruniai seorang putri (Nikita Ilona Putri Matakupan).